4 листопада 1991 року Вчена Рада Херсонського індустріального інституту (з 2004 року це Херсонський національний технічний університет) прийняла рішення про створення кафедри математичного моделювання. Наказом № 184 від 14.11.91 р. це рішення було затверджено.

З перших днів свого існування кафедра невпинно розширювала перелік дисциплін, що викладались: прикладна математика, обчислювальна математика, математичне моделювання, чисельні методи, теорія ймовірностей і математична статистика, ймовірнісні процеси, математичне програмування, дослідження операцій, економетрика. У 1995 році (наказ № 302-л від 03.11.95 р.) було вирішено перейменувати кафедру математичного моделювання у кафедру прикладної математики та математичного моделювання, що точніше відображало спрямованість навчальної роботи кафедри.

Особливе місце в діяльності кафедри займала наукова робота. Наукові кадри протягом багатьох років загартовувались на засіданнях міжвузівського наукового семінару з математичного моделювання для аспірантів і здобувачів наукових ступенів. Семінари проходили кожної третьої суботи, незважаючи на несприятливі погодні умови, холодні приміщення, надзвичайно ранній (для суботи) час – восьма година ранку. Засновником і науковим керівником семінару був професор А.Н. Хомченко, завдяки неперевершеній фантазії якого теми семінарів завжди були захопливими і несподіваними. Анатолій Никифорович виступав з цікавими лекціями, пропонував оригінальні задачі, а також нестандартні розв’язки відомих задач. Під час засідань обговорювались наукові результати постійних учасників семінару, а також аспірантів з наукових шкіл інших міст України.

За роки існування кафедри підготовку в аспірантурі пройшли 27 аспірантів та здобувачів. Захистили кандидатські дисертації Сеничак В.М., Гучек П.Й., Литвиненко О.І., Лур'є І.А., Манойленко О.С., Цибуленко О.В., Валько Н.В., Зуб П.М., Моїсеєнко С.В., Колесникова Н.В., Козуб Н.О., Камаєва С.О., Астіоненко І.О.

Докторант кафедри, професор кафедри вищої математики Тулученко Г.Я. захистила докторську дисертацію в грудні 2008 року в Київському національному університеті будівництва та архітектури.

Починаючи з 1996 року, з ініціативи завідувача кафедри А.Н. Хомченка, кафедра щорічно проводила міжнародні конференції з математичного моделювання МКММ. Завдяки конференціям викладачі та аспіранти кафедри прикладної математики та математичного моделювання підтримували тісні наукові контакти з ведучими університетами і науково-дослідними установами України, Білорусі, Росії, Казахстану, Азербайджану та Грузії. В теперішній час естафету проведення конференції МКММ продовжили викладачі кафедри ВМ і ММ. Наукові зв’язки розповсюдились на Англію, Польщу, Чехію, Іорданію.

Кафедра прикладної математики та математичного моделювання була ініціатором створення Херсонського відділення Української асоціації з прикладної геометрії. Кафедра систематично надавала наукову і методичну допомогу Центру довузівської підготовки та фізико-технічному ліцею при Херсонському національному технічному університеті.

Викладачі кафедри прикладної математики та математичного моделювання приділяли багато уваги науково-дослідній роботі студентів. Підготовлені на кафедрі доповіді щорічно представлялись на студентських наукових конференціях. Кращі роботи були відзначені дипломами і грамотами. Викладачі кафедри брали активну участь в організації шкільних і студентських олімпіад і творчих конкурсів, а також активно працювали в журі секцій “Прикладна математика” та “Математичне моделювання” Малої академії наук (МАН).

Наказом ректора ХНТУ у 2012 році кафедра прикладної математики та математичного моделювання була об’єднана з кафедрою вищої математи.

Наказом ректора ХНТУ у 2021 році зараз в складі загальноосвітніх гуманітарних та природничих дисциплін